La Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personal (CONADEP), fue creada por el Decreto presidencial Nº 187 del 15 de diciembre de 1983 por el presidente Raúl Alfonsín.
En el primer considerando del Decreto se sostiene que “la cuestión de los Derechos Humanos trasciende a los poderes públicos y concierne a la sociedad civil y a la comunidad internacional”, debiendo la Comisión tener como objetivo intervenir activamente en el esclarecimiento de los hechos relacionados con la desaparición de personas ocurridos en el país, averiguando su destino o paradero como así también toda otra circunstancia relacionada con su localización. Recibiría denuncias y pruebas sobre esos hechos para remitirlos a la justicia cuando de ellas surgiera la comisión de delitos. La misión encomendada no implicaba la determinación de responsabilidades. La justicia, receptora del material logrado por la Comisión en sus investigaciones y procedimientos, sería la encargada de delimitar responsabilidades, y decidir sobre los culpables.
El presidente de la República convocó entonces a personalidades de diferentes ámbitos culturales y políticos, para que llevaran a cabo con independencia sus funciones y con carácter “ad honorem”: Fue así como asumieron sus funciones Ricardo Colombres, René Favaloro, Hilario Fernández Long, Carlos T. Gattinoni, Gregorio Klimovsky, Marshall T. Meyer, Mons. Jaime F. de Nevares, Eduardo Rabossi, Magdalena Ruiz Guiñazú y Ernesto Sábato, quien la presidió. También la integraron Santiago López, Hugo Piucill, Horacio Huarte, Graciela Fernandez Meijide, Daniel Salvador, Raúl Aragón, Alberto Mansur y Leopoldo Silgueira.
En la realización de sus labores la Comisión contó con la ayuda prestada por los organismos de Derechos Humanos, que aportaron recursos humanos y técnicos, así como toda su consolidada experiencia adquirida durante el período dictatorial, sobre todo la documentación reunida. También contó con elaboraciones efectuadas anteriormente por Naciones Unidas, Organización de los Estados Americanos y diversos organismos internacionales, en relación al tema de las desapariciones en la República Argentina.
Por otra parte, muchos de los requerimientos de la Comisión quedaron sin respuesta, al no contestarse satisfactoriamente todos los respectivos pedidos de informes cursados a organismos dependientes de las Fuerzas Armadas. Esta falta de colaboración se evidenció también en la actitud de unos pocos Jueces de Capital y otros de Provincia que devolvieron las notas que la CONADEP les remitía negándole entidad, representatividad o personería. También hubo organismos administrativos y de seguridad a los que se debió recurrir hasta la instancia del presidente de la República para que respondieran a la brevedad, lo mismo que para que se dejara sin efecto la disposición que servía a los integrantes de las Fuerzas Armadas para negarse a responder a las preguntas de la Comisión so pretexto de “secreto militar”, acorde a lo dispuesto por el Decreto Nº 2107/84.
Debido al aluvión de denuncias y testimonios producidos ni bien se iniciaron las actividades de la Comisión, se tornó indispensable la incorporación de más personal y la obtención de mayor espacio dentro de las instalaciones del Centro Cultural General San Martín, cuyo Director, Javier Torre, destinó el segundo piso y sus dependencias anexas, con muebles y útiles, al servicio de la CONADEP.
El informe de CONADEP precisa en 8.961 el número de desaparecidos, y en sus tres anexos inlcuye los datos identitarios básicos de cada desaparecido, de aquellos vistos por los sobrevivientes durante su cautiverio y una lista de centros clandestinos. Las listas son presentadas como registros provisorios, ya que como la propia Comisión advierte "muchas desapariciones no han sido denunciadas, por carecer las vìctimas de familiaires, por preferir èstos mantener reservas o por vivir en localidades muy alejadas de centros urbanos". No incluye el informe a aquellas personas cuyos cadáveres fueron hallados e identificados, ni a quienes sobrevivieron al cautiverio clandestino. Incluyó declaraciones de miembros de las Fuerzas de Seguridad que intervinieron en el accionar represivo. Realizó inspecciones en distintos puntos del territorio nacional; recabó información a las Fuerzas Armadas y de Seguridad y a diversos organismos públicos y privados.
De la investigación efectuada resultó la formulación de denuncias ante la justicia, comprensivas de 1.086 legajos que permiten tener por acreditada la existencia y funcionamiento de los principales centros clandestinos de detención; nómina parcial de “desaparecidos” que fueron vistos con vida en tales centros y de miembros de las Fuerzas Armadas y de Seguridad mencionados por las víctimas como responsables de los graves hechos denunciados.
Según el informe de la CONADEP, el gobierno militar, debido al ejercicio de la facultad de Estado de Sitio, detuvo a 4.029 personas por menos de un año; a 2.296 entre uno y tres años; a 1.172 entre tres y cinco años; a 668 entre cinco y siete años; y a 431 entre siete y nueve años. La CONADEP ha registrado que, por lo menos, 157 detenidos a disposición del Poder Ejecutivo Nacional (PEN) pasaron luego a revistar en la categoría de desaparecidos una vez que se emitió el Decreto disponiendo la libertad de los mismos. Cabe agregar que el uso de esta facultad – poner a disposición del PEN – implicó de hecho la imposición de severas condenas sin formulación de cargos ni juicio previo, por lo que violaba sistemáticamente el derecho a justa defensa.
El informe presentado como resultado de las investigaciones de CONADEP fue publicado bajo el titulo "Nunca Más. Informe de la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas", editado por la editorial EUDEBA (Editorial Universidad de Buenos Aires) en 1984.
La CONADEP fue más tarde una importante prueba documental que permitió el juzgamiento a las Juntas Militares en la causa 13/84.
En el año 2009, el Fondo Documental CONADEP, fue declarado Memoria del Mundo por la UNESCO junto a otros 18 archivos del Patrimonio Documental sobre Derechos Humanos en Argentina relativo al período 1976-1983